Ban Quản lý Quy hoạch lưu vực sông Hồng - Thái Bình là cơ quan sự nghiệp thuộc Bộ Nông nghiệp và PTNT có những chức năng chính sau

1. Tổ chức lập các dự án khảo sát thiết kế quy hoạch thủy lợi bao gồm:

a. Các dự án: Tổng quan thủy lợi các lưu vực sông 

+ Quy hoạch thủy lợi tổng hợp một lưu vực sông một vùng kinh tế.

+ Quy hoạch cấp nước, tiêu nước nông nghiệp, công nghiệp, thành phố khu dân cư.

+ Quy hoạch phòng chống lũ.

+ Quy hoạch thủy điện.

b. Các dự án khảo sát xử lý môi trường và chất lượng nước.

c. Các dự án các sông liên quốc gia được Bộ trưởng giao.

Các dự án thiết kế quy hoạch trên, được thực hiện theo nghị định số 177-CP ngày 20/10/1994 của Chính phủ và theo quy định của Bộ.

2. Hướng dẫn và giúp đỡ các địa phương và các ngành lập các dự án thiết kế quy hoạch xây dựng thủy lợi địa phương và chuyên ngành, tham gia và phối hợp với các ngành lập quy hoạch phát triển kinh tế-xã hội của các vùng lãnh thổ, đảm bảo tính thống nhất của quy hoạch theo sự phát triển kinh tế-xã hội của đất nước.

3. Theo dõi việc triển khai thực hiện các quy hoạch đã được duyệt, phát hiện những bất hợp lý, những tồn tại để bổ sung, nâng cao và hoàn thiện các dự án quy hoạch đó.

4. Nghiên cứu xây dựng và bổ sung thường xuyên về tổng sơ đồ khai thác các dòng sông, cập nhật số liệu tính toán cân bằng nước giúp cho Bộ quyết định cho phép khai thác nguồn nước (nước mặt và nước ngầm) trên các lưu vực sông và các vùng lãnh thổ trên cả nước.

5. Thực hiện việc thẩm định các dự án quy hoạch thủy lợi do các địa phương, các ngành và các cơ quan khác lập theo quyết định só 732-QĐ/TCCB-LĐ của Bộ trưởng Bộ Thủy lợi (nay là Bộ Nông nghiệp & PTNT). Bộ ủy quyền tham gia thẩm định và xét duyệt các dự án quốc gia do các ngành khác lập có liên quan đến nguồn nước.

6. Tham gia chiến lược phát triển thủy lợi theo nhiệm vụ Bộ giao.

7. Nghiên cứu lập chương trình vận hành các công trình thủy lợi tổng hợp lớn, tham gia với Cục phòng chống lụt bão và quản lý đê điều giúp Bộ chỉ đạo vận hành điều tiết chúng phục vụ yêu cầu phòng chống lụt bão, tham gia với Cục Thủy lợi về mặt quản lý tài nguyên nước, và khai thác bảo vệ công trình thủy lợi có liên quan đến công tác quy hoạch thủy lợi, xử lý môi trường và chất lượng nước.

8. Nghiên cứu chất lượng nước cho các nhu cầu dùng nước của các ngành kinh tế và dân sinh. Theo dõi và đánh giá chất lượng nước nhiễm bẩn trên các lưu vực sông, các hồ chứa nước, vùng ven biển, hải đảo, các vùng ngập úng, lầy thụt, dự báo sự phát triển và lan truyền ô nhiễm nguồn nước phục vụ cho công tác nghiên cứu các mặt quy hoạch của Viện

9. Điều tra nghiên cứu đánh giá và dự báo về tác động của các công trình thủy lợi đã có và sẽ có đến môi trường và sinh thái khu vực.

10. Tổ chức thực hiện công tác điều tra cơ bản chuyên dùng phục vụ cho công tác quy hoạch thủy lợi và bảo vệ tài nguyên nước như:

- Địa hình địa chất, thủy văn nước mặt và nước ngầm.

- Chất lượng, sinh thái môi trường nước.

- Dân sinh kinh tế-xã hội.

11. Tổng kết kinh nghiệm công tác thiết kế quy hoạch thủy lợi và bảo vệ nguồn nước, chống ô nhiễm nước, xây dựng quy trình quy phạm và phương pháp luận, giá thiết kế cho công tác này. Thực hiện công tác chuyển giao công nghệ, trang bị các thiết bị nghiên cứu hiện đại nhằm nâng cao hiệu quả và chất lượng công tác quy hoạch. Hướng dẫn cho các địa phương cùng thực hiện.

12. Tổ chức và tham gia nghiên cứu các chương trình, các đề tài khoa học các cấp có liên quan đến công tác quy hoạch thủy lợi, phát triển và bảo vệ nguồn và chất lượng nước. Đào tạo bồi dưỡng và nâng cao trình độ xây dựng lực lượng cán bộ, chuyên gia giỏi thuộc lĩnh vực công tác này.

13. Thực hiện các nhiệm vụ hợp tác quốc tế về quy hoạch thủy lợi, về môi trường và chất lượng nước theo quy định của Bộ và Nhà nước.