Ban Quản lý Quy hoạch lưu vực sông Hồng - sông Thái Bình là cơ quan sự nghiệp thuộc Bộ Nông nghiệp và PTNT thực hiện các nhiệm vụ sau:

- Lập, trình duyệt và theo dõi việc thực hiện Quy hoạch lưu vực sông Hồng - Thái Bình, bảo đảm quản lý thống nhất Quy hoạch lưu vực với địa bàn hành chính.

- Phối hợp với các cơ quan của các Bộ, ngành và địa phương trong việc điều tra cơ bản, kiểm kê, đánh giá tài nguyên nước của lưu vực sông Hồng - sông Thái Bình và trong việc lập, trình duyệt, theo dõi việc thực hiện các Quy hoạch lưu vực sông nhánh thuộc hệ thống sông Hồng - Thái Bình.

- Kiến nghị giải quyết tranh chấp về tài nguyên nước trong lưu vực sông Hồng - Thái Bình.